In Silico Prediction of B-Cell and T-Cell Epitopes of Protective Antigen of Bacillus anthracis in Development of Vaccines Against Anthrax

Authors

  • M. Tahmoorespur Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
  • N. Nazifi Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
  • Z. Pirkhezranian Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
Abstract:

Protective antigen (PA), a subunit of anthrax toxin from Bacillus anthracis, is known as a dominant component in subunit vaccines in protection against anthrax. In order to avoid the side effects of live attenuated and killed organisms, the use of linear neutralizing epitopes of PA is recommended in order to design recombinant vaccines. The present study is aimed at determining the dominant epitopes based on multi-parameter and multi-method analysis. The epitopes were identified by the well-known online bioinformatics server and then they were selected and compared based on the highest score and the highest repetition rate. Further analysis on predicted epitopes has been carried out by online VaxiJen 2.0 and Protein Digest server. Among the selected epitopes, those with the highest antigenicity score (>0.9 threshold) and less susceptibility to gastrointestinal tract proteases, were selected as final epitopes. Final B-cell predicted epitopes were amino acid residues 292-308, 507-521 and 706-719; residues 17-31, 315-329 and 385-400 which were determined as the best major histocompatibility complex I (MHCI) class of T-cells epitopes; in addition, residues 455-464 and 661-669 were also considered the best MCHII class of T-cells epitopes. Since random coil structure had a high probability of protein forming of antigenic epitope, the results of secondary structure analysis of the final PA epitopes have shown that all these epitopes form a 100% random coil structure.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

development of feminist poetics in adrienne rich

اشعار ریچ، به عنوان اشعاری که همیشه در حال تغییر و دگرگونی هستند، تجسمی از رشد و دگرگونیِ انسان هستد. پایان نامه ی حاضر، با تمرکز بر روی مراحل سیر شعری ریچ از تغییری در دنیا به عکس هایی فوری از یک عروس، سپس به شیرجه به درون کشتی شکسته و در نهایت به صبری عجیب مرا تا اینجا آورده، به بررسی این مراحل در قالب نظر شوالتر در رابطه با سه مرحله ی پیشرفت ادبی زنان یعنی مرحله ی زنانه، زن گرا و زن محور می پ...

15 صفحه اول

synthesis of 3-aryl-2h-benzo[b]-1,4-oxazines in [omim]bf4 and reduction of organic compounds in methylimidazolium formate

در این پروژه ترکیبات 3-آریل-2h-بنزو[b]-4،1-اکسازین ها از مواد اولیه تجاری مشتقات دو آمینو فنول و ?-هالو کتون های آروماتیک در مایع یونی 1-اکتیل-3-متیل ایمیدازولیوم تترا فلورو بورات([omim]bf4) سنتز شده است. این واکنش توسط باز پتاسیم کربنات محلول از طریق o-آلکیلاسیون و سپس یک واکنش آمیداسیون درون مولکولی خود بخود در مدت زمان کوتاه انجام می شود. ترکیبات 4،1-بنزوکسازین به این روش با بهره خوب تا آلی ...

15 صفحه اول

faculty of psychology and social sciences group of anthropology master thesis in major of anthropology

چکیده پایان نامه (شامل خلاصه، اهداف، روش های اجرا و نتایج به دست آمده): کار جمع آوری گو یش های محلی در سال های اخیر شتاب امیدوار کننده ای به خود گرفته است. شاید از بارزترین اهداف جمع آوری گویش های مختلف، ثبت و ضبط آن، جلوگیری از نابودی و مهمتر از همه حل مشکلات دستوری زبان رسمی باشد. دقت در فرآیند های زبانی گویش های محلی نوع ارتباط مردم نواحی مختلف با پیرامون نشان را به ما نشان خواهد داد. از س...

ideological and cultural orientations in translation of narrative text: the case of hajji baba of isfahan

در میان عواملی که ممکن است ذهن مترجم را هنگام ترجمه تحت تأثیر قرار دهند، می توان به مقوله انتقال ایدئولوژی از طریق متن یا گفتمان اشاره کرد. هدف از این تحقیق تجزیه و تحلیل جنبه های ایدئولوژیکی و فرهنگی متن مبدأ انگلیسی نوشته جیمز موریه تحت عنوان سرگذشت حاجی بابای اصفهانی ( 1823) و ترجمه فارسی میرزا حبیب اصفهانی(1880) بوده است.

the survey of the virtual higher education in iran and the ways of its development and improvement

این پژوهش با هدف "بررسی وضعیت موجود آموزش عالی مجازی در ایران و راههای توسعه و ارتقای آن " و با روش توصیفی-تحلیلی و پیمایشی صورت پذیرفته است. بررسی اسنادو مدارک موجود در زمینه آموزش مجازی نشان داد تعداد دانشجویان و مقاطع تحصیلی و رشته محل های دوره های الکترونیکی چندان مطلوب نبوده و از نظر کیفی نیز وضعیت شاخص خدمات آموزشی اساتید و وضعیت شبکه اینترنت در محیط آموزش مجازی نامطلوب است.

In silico prediction of B cell epitopes of the extracellular domain of insulin-like growth factor-1 receptor

The insulin-like growth factor-1 receptor (IGF-1R) is a transmembrane receptor with tyrosine kinase activity. The receptor plays a critical role in cancer. Using monoclonal antibodies (MAbs) against the IGF-1R, typically blocks ligand binding and enhances down-regulation of the cell-surface IGF-1R. Some MAbs such as cixutumumab are under clinical trial investigation. Targeting multiple distinct...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 7  issue 3

pages  429- 436

publication date 2017-09-01

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023